微生物菌肥通过代谢过程中氧气和二氧化碳的交换以及分泌的有机酸等酸性物质，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成；微生物在土壤中物质、能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性；大家都知道，我国的农业复种指数高，两年三熟，一年两熟，有些地区甚至一年三熟。这么高的复种指数，土地早已经不堪重负！很多人发现，现在即使使用再多的化肥和农药，土地作物产量也没有明显提升。

复合微生物肥料、生物有机肥内含的多种功能性微生物进入土壤后，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成。团粒结构的形成使土壤变得疏松、绵软，保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发展，为农作物提供舒适的生长环境。土壤理化性状的改善，加强了土壤有益微生物的活动，从而较大限度促使有机物分解转化，产生多种营养物质和刺激性物质，反过来又刺激微生物的生长发育，促进作物生长，而达到增产增收的目的。

另外，功能性微生物在作物根系周围形成优势种群，抑制或拮抗有害病原菌的生长繁殖，减轻了作物发生病害的程度，进而起到增加产量的目的。

复合微生物肥料是把无机营养元素、有机质、微生物菌有机结合于一体，体现无机化学肥料、有机肥料以及微生物肥料的综合效果，是化解土壤板结现象，修复和调理土壤，提高化学肥料利用率，减少江河污染，减少病虫害发生，增强农作物的抗逆能力，提高农作物果实品质和产量的首选肥料。因此微生物菌剂是改善土地效果的良药。